منشاء و علت به وجود آمدن کیست به دفع نشدن مواد زائد بدن بستگی دارد؛ وقتی فضولات به درستی دفع نشوند، بدن آن‌ها را به صورت کیست بسته‌بندی می‌کند تا آسیبی وارد نکنند. نوع کیست و محل آن معمولاً به عضو ضعیف‌تر و نوع فضولات بستگی دارد. کیست‌ها اغلب در مجاری دفع مثل کلیه و مثانه، مجاری قاعدگی زنان مانند تخمدان و رحم، و همچنین در مناطق دیگر مثل سینه و روده شکل می‌گیرند. کسانی که به دلیل ضعف سیستم ایمنی یا انسداد مجاری قادر به دفع مناسب مواد زائد نیستند، بیشتر مستعد ابتلا به کیست می‌شوند.